金朝灭亡，宋、蒙失去缓冲地带，双方之间的战事不可避免。

宋端平二年（1235），元军“一军西征，一军侵宋，一军伐高丽”，揭开了宋元战争的序幕。次年八月，阔端以塔海为元帅，汪世显为先锋，率蒙古、西夏、女真、吐蕃等各族军队，号称50万人，大举入蜀。使全蜀“五十四州郡俱陷破，独夔州一路，及泸、果、合数州仅存”。

宋理宗为之震动，授余玠为兵部侍郎、四川安抚制置使兼重庆知府，组织四川军民抗蒙。淳祐三年（1243）年到达重庆，领导全省抗蒙斗争。有隐士冉琎、冉璞兄弟进言，“蜀口形胜之地，约莫钓鱼山，请徙诸此。若任得其人，积粟以待之，胜于十万师远矣。”余玠采纳了他们的计策，奏请朝廷，起用冉琎、冉璞，将其遣往合州，主持迁城事宜，将指挥中心移至合川钓鱼城，作为南宋在四川的抗元大本营。到淳祐十一年（1251）的八年期间，先后构筑了重庆、嘉定、钓鱼、太获、白帝、苦竹、赤牛、铁泸、大良、铁峰、运山、云顶、瞿塘、多功、柴云、天生、小宁、青居、得汉、平梁等20座山城。实行“守点不守线，连点而成线”的战略方针。以钓鱼、太获、白帝、苦竹、运山、云顶、青居、得汉等8座城堡为“防蒙八柱”，构成了完整的防御体系。

元军元帅汪世显与汪良臣攻克利州（广元），于宋理宗淳祐十年（1250）率军沿嘉陵江而下，克阆中，下蓬安，占领青居。宋顺庆守将、四川安抚使咎万寿退守汉初县，为巩固防御，大筑障碍，广凿崖穴置灯，既防明攻，又防夜袭，储粮备柴，积极防备，随时准备迎战。宝祐二年（1254），他率军数千人，战船200余艘，溯江而上攻打青居元军。行动不秘，战船连绵十余里，早被元军发现。元军元帅汪良臣亲自指挥设伏，在数个河汊内埋伏坚甲骑兵。宋军遭到元军伏击，短兵相接，拼杀激烈，船队被截成几段，首尾不能相顾，前进不能，后退亦难，经过反复冲杀，好不容易杀出一条血路，仓皇后逃。谁知汉初县西关寨已被元军骑兵占领，元军又从四面八方围来，咎万寿惊惶不已，急忙指挥部队四面抗击。他本想退回东关寨，但刚退拢，东关已失，汉初县因此被元军占领，咎万寿便退守旧县境内的女箐坪。

咎万寿退到芜箐坪后，宋军统制史炤热情接待了他，咎万寿惭愧地说，“我败了，汉初陷落，一着棋走输了呀！”史炤说，“胜败乃兵家常事，国难当头，应当同舟共济，以图再举！”两位将军经过两年的准备，已兵精粮足，宋宝祐四年（1256），咎万寿同史炤率军2万余人，兵分三路攻打汉初城。从初夜出发，到黎明打响，元军猝不及防，节节败退，宋军步步进逼，元军伤亡很大，难以固守，汪良臣部在退出汉初县城时，放火烧毁了这座存在了800多年的古县城，从此再未修复。